Информация » Выделение мембранных белков » Определение молекулярной массы субъединиц (электрофорез в ПААГ)

Определение молекулярной массы субъединиц (электрофорез в ПААГ)

Электрофорез в полиакриламидном геле в присутствии додецил-сульфата натрия - это обычная методика, но в случае интегральных мембранных белков при ее применении возникают особые проблемы. В этом методе додецилсульфат связывается с полипептидными цепями, и комплексы белок-ДНС разделяются в полиакриламидном геле в соответствии с их стоксовыми радиусами, которые в большинстве случаев зависят от молекулярной массы. Молекулярную массу определяют, сравнивая электрофоретическую подвижность данного комплекса и известного стандарта. Однако связывание ДСН с неизвестным белком может качественно отличаться от связывания со стандартами, и тогда будет получен неправильный результат. Подобная ситуация наблюдается для интегральных мембранных белков с высоким содержанием неполярных аминокислотных остатков. Возможна и другая ситуация. Связывающийся с ДСН мембранный белок может находиться в не полностью развернутом состоянии, что тоже приведет к аномальному повышению электрофоретической подвижности из-за образования более компактного комплекса белок-ДСН. Все эти эффекты весьма существенны. Например, лактозопермеаза имеет кажущуюся молекулярную массу 33 000, если измерять ее с помощью электрофореза в ПААГ в присутствии ДСН; в действительности же, как показывают результаты генетического анализа, ее молекулярная масса равна 46 000. Еще одна проблема - возможное наличие четвертичной структуры. Некоторые мембранные белки агрегируют даже в присутствии ДСН. Например, гликофорин А или белок оболочки бактериофага М13 (или fd) при электрофорезе в полиакриламидных гелях с ДСН находятся в основном в виде димеров.

Итак, оценка молекулярной массы субъединиц сильно неполярных интегральных мембранных белков, определенная с помощью электрофореза в ПААГ с ДСН, может оказаться неверной. К несчастью, простая альтернатива этому методу отсутствует, и правильную величину часто получают либо по данным о полной первичной последовательности (обычно последовательности соответствующего гена), либо с помощью точного гидродинамического анализа.


Похожие материалы:

Полив и удобрение
Правильный полив является основополагающей составляющей. Здесь действует правило "2П" – сначала просох, потом промок. Фаленопсис легко переносит небольшую засуху, но чрезмерный полив убьет его. Как было сказано выше, его корням ...

Испытание биологической активности гуминового комплекса вермикомпоста
Для выявления особенностей ферментативной активности вермикомпоста были отобраны и проанализированы образцы почвы компоста и вермикомпоста. В исследуемых образцах изучали ферменты класса оксидоредуктаз. В контрольных образцах (неферментат ...

Субстраты
Основное правило — должны быть воздухо- и влагопроницаемые. Некоторые "рецепты": 1. все компоненты берутся в равных частях § легкая компостная земля § корни папоротника (или фибра древовидного папоротника) § мох сфагнум § ...