Интеграция ДНК вируса иммунодефицита человека в геном клетки является ключевой стадией жизненного цикла вируса, поэтому представляет интерес разработка препаратов, подавляющих активность вирусного фермента интегразы. К настоящему моменту найден ряд эффективных ингибиторов интегразы, действующих на активный центр фермента, однако быстро развивающаяся устойчивость вируса к этим препаратам делает актуальной разработку новых ингибиторов интегразы.

Ранее нами было показано, что конъюгаты 11-звенных одноцепочечных олигонуклеотидов с гидрофобными молекулами, такими как эозин, флуоресцеин и олеиновая кислота, эффективно подавляют активность интегразы in vitro, связываясь с комплексом интеграза-вирусная ДНК и разрушая его. Для определения участка связывания конъюгата было проведено ковалентное присоединение конъюгата олигонуклеотида с флуоресцином к ферменту и протеолитическое расщепление продукта присоединения. Масс-спектрометрический анализ образовавшихся нуклеотидопептидов позволил установить, что ингибитор взаимодействует с интегразой вблизи Lys236 в C-концевом домене фермента. Для подтверждения сайта связывания конъюгата мы провели замену Lys236 в составе интегразы на Ala. Такая аминокислотная замена резко снижала как способность фермента связывать вирусную ДНК, так и его каталитическую активность.

Основываясь на полученных данных, мы высказали предположение о механизме действия конъюгатов. Согласно нашим представлениям, отрицательно заряженная олигонуклеотидная часть конъюгата связывается с С-концевым доменом интегразы, содержащим большое количество положительно заряженных аминокислот, за счет электростатических взаимодействий, в то время как гидрофобная часть проникает в гидрофобный кор домена.

Похожие материалы:

Обонятельный мозг
Обонятельный отдел конечного мозга подразделяют на периферическую и центральную части. К периферической части обонятельного мозга относятся следующие структуры: ¾ Обонятельная луковица (bulbus olfactorius) ¾ Обонятельный ...

Результаты и обсуждение исследования
Результаты начального этапа микробиологического исследования почвенных образцов представлены в приложении 2 и на рисунке 1. Таблица 1 Общая численность бактерий в почвенном профиле дерновой альфегумусовой глеевой почвы Горизонты (р ...

Общая периодизация онтогенеза
Разработка научно-обоснованной периодизации онтогенеза человека исключительно сложна. Очевидно, что только одни какие-либо признаки - морфологические, физиологические или биохимические - не могут быть положены в основу периодизации. Необх ...