Нами разработан экспериментальный метод селекции, идентификации и картирования потенциальных энхансерных элементов внутри длинных геномных последовательностей. Предложенный метод позволяет проводить одновременный поиск всех элементов, проявляющих энхансерную активность, среди множества коротких фрагментов ДНК, перекрывающих исследуемую область генома.

Используемый в работе подход основан на способности энхансеров активировать промотор репортерного гена. Набор коротких фрагментов ДНК, полученных расщеплением участка длинной 1 млн. п.н. хромосомы 19 человека, был клонирован в специально сконструированный нами самоинактивирующийся ретровирусный вектор, содержащий репортерный ген неомицин-фосфотрансферазы II под контролем минимального промотора цитомегаловируса.

В дальнейшем был получен пул ретровирусных частиц, которыми инфицировали клетки линии HeLa, после чего, были отобраны неомицин-устойчивые клоны, содержащие интегрированные в геном конструкции с фрагментами ДНК, обладающими активностью энхансеров. ДНК неомицин-устойчивых клонов использовали для амплификации соответствующих фрагментов, которые затем клонировали в плазмидный вектор. Таким образом, была получена библиотека потенциальных энхансеров. Клоны библиотеки секвенировали и была построена карта расположения энхансеров в интересующем нас локусе хромосомы 19 человека. Анализ библиотеки выявил 15 энхансер-подобных последовательностей в полигенном локусе хромосомы 19 человека длинной 1 млн. п.н., энхансерная активность 13 из них была подтверждена в экспериментах по транзиентным трансфекциям с помощью системы двойной люциферазной детекции. Найденные последовательности преимущественно расположены в 5′ прилегающих к генам областях либо внутри интронов.

Похожие материалы:

Удаление цветоносов
У большинства видов орхидей после увядания цветков цветоносы срезают у основания. У фаленопсиса цветонос обрезают чуть ниже нижнего цветка, чтобы в следующий раз цветки образовались на том же цветоносе. ...

Влажность воздуха
Влажность должна находиться в пределах 50-80%, причём особенно важно, чтобы она была высока ночью, когда растения дышат. Повысить влажность вокруг растений можно, поставив горшки в сосуд с водой. Позаботьтесь однако, чтобы горшки и вода н ...

Способы и методы учета белки в Благовещенском районе
Учет белки сопряжен с трудностями, обусловленными передвижениями этого зверька не только по земле, но и по деревьям, изменением активности при различных погодных условиях, значительными миграциями и кочевками связанными с урожаями и неуро ...